Различна и химическая структура амилозы и амилопектнна. Молекулы первой, как правило, строго структурированы. В них остатки a-D-глюкопиранозы связаны друг с другом — исключительно а-1,4-глюкозидными связями, т.е. кислородные мостики возникают за счет гликозидного гидроксила 1-го углеродного атома одной молекулы a-D-глюкопиранозы и спиртового гидроксила при 4-м углеродном атоме другой.