Хондроитинсульфат — непременная составная часть хряща, костной ткани, сухожилий, сердечных клапанов и других подобных тканей животных. Содержание его, например, в хряще носовой перегородки составляет 20—40%.
Хондроитинсульфат выделить в чистом виде трудно, так как он прочно связан с белком—коллагеном. Вероятно, при выделении идет сильная деградация молекул хондроитинсульфата, так как молекулярная масса его препаратов не превышает 50 000, тогда как М его комплекса с белком составляет от 4 до 50 млн.